Welche Performance-Vorteile GPGPU-Computing bieten kann, zeigt das Distributed-Computing-Projekt Folding@home. Ziel ist es, die Faltung von Proteinen zu simulieren und so mehr über die Entstehung und Heilungsmöglichkeiten von Krankheiten wie Alzheimer, Creutzfeldt-Jakob oder Krebs zu verstehen. Auf der Projekt-Website stehen Clients für verschiedene Betriebssysteme und Plattformen zum Download.
Die Übersicht vom 4. Juli 2007 zeigt, dass 773 GPUs eine Leistung von 46 Teraflops liefern. 24.487 CPUs der an dem Projekt teilnehmenden Linux-Desktops stellen dagegen nur 42 Teraflops zur Verfügung. 185.880 Prozessoren in Windows-Maschinen schaffen 177 Teraflops und 15.361 Intel- und Power-PC-basierte Macs 23 Teraflops.
Setzt man diese Zahlen ins Verhältnis, zeigt sich, dass eine GPU in diesem Anwendungsfall ungefähr die 35-fache Leistung bietet.
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