Das Verhältnis zwischen Samba und Microsoft war nicht immer so frostig wie heute. 1996, als Microsoft das CIFS gerade einführte, hatte das Unternehmen mit Wettbewerbern wie der für die WebNFS-Software von Sun verantwortlichen Allianz von Sun und Novell zu kämpfen. Microsoft beteuerte zu diesem Zeitpunkt, sicherstellen zu wollen, „dass die CIFS-Technologie offen, öffentlich und für alle Computeranwender allgemein verfügbar ist“, wobei zur Kenntnis genommen wurde, dass Samba das CIFS verwendete.
Microsoft reichte als ersten Schritt hin zu einer Standardisierung seine erste Version des CIFS-Protokolls bei der Internet Engineering Task Force ein. Dieser Prozess kam später zum Stillstand, doch im Internet ist noch immer eine aus dem Jahr 1997 stammende Version dieses eingereichten Protokolls verfügbar. Die Eingabe ließ zwei in diesem Zusammenhang relevante Patente unberücksichtigt, die Microsoft 1993 und 1995 erhalten hatte. Außerdem legte Microsoft ab 1996 in einer Reihe von CIFS-Konferenzen Informationen offen.
Die beiden besagten Patente gerieten in diesem Jahr ins Blickfeld der Öffentlichkeit.
In dem technischen Dokument, welches das CIFS für Windows NT 4.0 erläutert, untersagt Microsoft anderen Unternehmen die Nutzung der bereitgestellten Informationen für GPL-Software, wozu auch Samba zählt. Microsoft verlangt von den Lesern des Dokuments, die eine Verwendung von dessen Angaben beabsichtigen, die Unterzeichung einer Lizenz-Vereinbarung, wobei auf eine mögliche Verletzung von Patenten hingewiesen wird.
Diese Vereinbarung erteilt Unternehmen eine kostenlose Lizenz für zwei Microsoft-Patente, verbietet jedoch den Entwicklern die Nutzung der CIFS-Informationen in Software, welche eine Bindung an „geistige Eigentumsrechte verletzende Lizenzen“ bedingt, darunter die GPL.
Microsoft ist jedoch nicht gegen bestimmte Open-Source-Lizenzen, mit denen über gemeinsamen Zugriff genutzte Software geschützt werden kann, z.B. die so genannten BSD-Lizenzen für FreeBSD und entsprechende Unix-Versionen.
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