Doch Nachteile von OSS gibt es auch. Zum einen kommt es vor, dass Software, die benötigt wird, nicht existiert. Zum anderen muss jeder Anwender über die Lizenzrechte, die auch freier Software anhaften, kennen und beachten. Die am weitesten verbreitete Lizenz ist GNU (General Not Unix), die sich die Free Software Foundation (FSF) ausgedacht hat und zum Beispiel für 20 Linux-Lizenzen gilt.
Die Definition beinhaltet ein ausdrückliches „Copyleft“. Demnach müssen Weiterentwicklungen und sonstige Änderungen an einem Programm ebenfalls wieder frei gegeben werden, indem die modifizierte Software unter die gleiche Lizenz gestellt wird wie das Ausgangsprogramm. Das kann zum Problem werden, führt der Münchner Rechtsanwalt und Gründer des Instituts für Rechtsfragen der Open-Source-Software (ifross) aus, insbesondere dann, wenn freie Software mit proprietärer Software verknüpft wird.
BSD-ähnliche Lizenzen (BSD = Berleley Software Distribution) dagegen erlauben, dass Modifikationen der quellcodeoffenen Software proprietär sein und deshalb wie bei jeder kommerziellen Software Lizenzgebühren anfallen können. Neben den Betriebssystemvarianten „Free BSD“, „Xfree BSD) und „4.4 BSD“ gehört etwa auch der Web-Server „Apache“ zu dieser OSS-Kategorie. Allerdings nur eine Verbreitung der Abwandlung unter der Bezeichnung Apache erlaubt, wenn zuvor eine Genehmigung dafür eingeholt wurde.
Wie sich das Problem mit noch nicht existenter Software lösen lässt, macht die öffentliche Hand vor. So gibt das Bundesamt für Sicherheit in der Informationstechnik (BSI) etwa die Entwicklung von OSS-Verschlüsselungstechnik in Auftrag. Einmal entwickelt, lässt sich das System nutzen von Behörden aber auch von jedem Unternehmen, auf die die Lösung passt. So vergrößert sich die Zahl verfügbarer Software ständig, und die Wahrscheinlichkeit, dass etwa Passendes für jeden Unternehmenszweck dabei ist, wächst.
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